Hm, eigentlich wäre die Frage schon vollständig, wenn (eine der üblichweise verwendeten Implementierungen von) ssh einen solchen exit code hätte. Mir ist da allerdings nichts bekannt. Eventuell kannst du mal das Skript, das du aufrufst, hier posten? Ebenso die exakte Fehlermeldung. Ansonsten könntest du noch logging auf dem Server aktivieren, es könnte zB. sein, dass dein Programm vom Server gekillt wird, weil es zuviel Speicher frisst, zu lange unresponsive ist, oder sonstige Gründe.
Zur Info btw: scp benutzt ssh als Transportprotokoll, man kann also ohne weiteres davon sprechen, dass die Dateien über ssh transferiert werden.