a) Anzahl und Energiezustände der Elektronen in den Atomorbitalen
b) Kernspinzustände
c) Die Anordnung der Neutronen und Protonen im Kern
d) Die Zeit bis zum radioaktiven Zerfall (natürlich nur bei instabilen Isotopen)
Die "Anordnung" der Nukleonen, sofern man überhaupt davon sprechen möchte, entspricht den Anregungen des Kerns. Sofern man dort keine hat, ist da kein Unterschied. Hyperfeinstruktur hat man natürlich (vorausgesetzt der Kern hat einen Spin ungleich 0).
Die Zeit bis zum radioaktiven Zerfall ist keine Eigenschaft des Atoms.
Atome mit der gleichen Neutronen-, Protonen- und Elektronenzahl im Grundzustand (oder im exakt gleichen angeregten Zustand) sind ununterscheidbar und damit auch identisch in allen Eigenschaften. Nichtmal winzigste Unterschiede sind möglich, denn nur die exakte Ununterscheidbarkeit erzeugt Effekte, die man heute im Labor nachmessen kann.
Der Trick ist, dass ihre Statistik (beispielsweise die Frage, wie viele Atome gleichzeitig im gleichen Zustand sein können) genau davon abhängt. Unterschiedliche (und damit prinzipiell unterscheidbare) Teilchen sind nie exakt im gleichen Zustand, sie können daher alle unabhängig voneinander sehr tiefe Energiezustände annehmen, wenn man sie abkühlt, und bleiben weiterhin einzelne Teilchen.
Sofern die Teilchen ununterscheidbar (weil absolut identisch) sind, erhält man aber andere Ergebnisse: Bei Fermionen passen nur (üblicherweise) 2 Teilchen in den tiefsten Energiezustand, die nächsten zwei müssen schon eine höhere Energie besitzen, die nächsten zwei eine noch höhere und so weiter. Mit dem Ergebnis, dass selbst bei beliebig tiefen Temperaturen einige Teilchen ziemlich viel Energie haben. Das kann man leicht messen - wären beispielsweise Elektronen nicht alle exakt identisch, wären Röhrenbildschirme gar nicht möglich gewesen, weil man die Elektronen nicht aus dem Metall bekäme (hätten zu wenig Energie). Mit ganzen Atomen ist das etwas trickreicher, aber auch möglich.
Bei Bosonen hingegen hat man beim Abkühlen den umgekehrten Effekt, dass sich alle in den niedrigsten Energiezustand begeben können und das auch häufiger tun, als man mit unterscheidbaren Teilchen erhalten würde. Das Ergebnis sind Bose-Einstein-Kondensate - relativ exotische Materiezustände, aber trotzdem mittlerweile Routine in der Wissenschaft.
>> Protonen und Neutronen sind ja für den Physiker nicht der Weisheit letzter Schluss, die kennen ja noch eine Reihe weitaus kleinerer Teilchen, aus denen diese aufgebaut sind.
Solange sie ein Proton bzw. ein Neutron bilden, ist ihr Zustand trotzdem gleich. Ist er das nicht, erhält man andere Teilchen wie
Delta-Baryonen.
@SvenGlueckspilz/Lurchie: Nach der De Broglie-Bohm-Theorie geht das Teilchen einen wohl definierten Weg, der von seiner Wellenfunktion beeinflusst wird

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