edit: achso, es ging eben nicht um die monster-of-the-week-Folgen ... oh well
Bin mal fix die imdb Liste durchgegangen (nur die Episodennamen, daher fehlen vielleicht ein paar). Hier meine Tops, chronologisch nach Staffel, Ausrufezeichen sind besonders starke Episoden:
(1)
Squeeze
Ice
Darkness Falls
Tooms
Roland
(2)
Blood
Humbug (!)
Our Town
(3)
Clyde Bruckman's Final Repose
War of the Coprophages
Grotesque
Pusher
Jose Chung's 'From Outer Space' (!) *
(4)
Home (!)**
Leonard Betts
Small Potatoes
(5)
Unusual Suspects
The Post-Modern Prometheus
Kill Switch
Bad Blood
The Pine Bluff Variant
Folie a Deux (!)
... in den spaeteren Staffeln gibts auch noch ein paar gute, aber eher experimentelle oder witzige Folgen. Ich denke aber dass diese nicht mehr zeigen warum x-files so gut ist bzw. so groß geworden ist, sondern eher was mit der Serie - und mit dem Medium "Serie" im Allgemeinen - moeglich ist.
(kein Anspruch auf Vollstaendigkeit

)
Bezueglich der Story Episoden faellt es schwer eine Liste zu erstellen, da man halt (logischerweise) alle Storyepisoden gesehen haben sollte um, naja, der Story zu folgen. Einige sind aber sehr, sehr zaeh. Gibt aber auch richtig gute (The Field Where I Died, Musings of a Cigarette Smoking Man), die man ohne Kontext aber nicht wirklich genießen kann.
* meine Lieblingsfolge, vermutlich nicht sonderlich gut als Einstieg geeignet
** Home ist oftmals
die monster-of-the-week-Vorzeigefolge