AnvilStudio ist das einzige taugliche Freeware-Programm zum Bearbeiten von MIDIs. Damit kannst du aber auch nur von MIDI -> MIDI arbeiten.
Ein ziemlich guter Audio Editor allgemein ist GoldWave, leider Shareware.
Direkt MIDIs auszulesen dürfte wohl nicht klappen, da eine MIDI eben nur Notendaten enthält, die mit dem auf dem PC installierten Synthesizer (Microsoft GS Wavetable Synth im schlechtesten Fall) wiedergegeben werden. Daher klingen auch MIDIs auf fast jedem PC anders, je nach Synthesizer und Soundkarte.
Frage: Wenn du nun etwa nur einen Teil der Channels der MIDI exportieren willst (also z. B. die Begleitung weglassen), mußt du die MIDI in MP3 oder ein anderes Audioformat umwandeln und dann via dem Audio Editor in deinen bestehenden Track einfügen.
Direkt MIDI-Daten in eine MP3 einzufügen klappt meines (Un)wissens so einfach nicht, als über den Umweg, diese Daten erstmal in ein andere Format zu konvertieren.