Alle Angaben ohne Gewähr.
Start -> Ausführen -> %appdata% -> hier den Thunderbird-Profilordner suchen, dort ist dein gesamtes Profil samt E-Mails gespeichert. Kopiere den gesamten Ordner irgendwo anders hin, der hat bei mir mit insgesamt ca. 600 Mails rund 95 MB an Größe.
Übrigens, von einem Tool mamens "Mozbackup", was alles sichert, rate ich dringend ab. Hat bei mehreren Leuten in der Umgebung nicht wirklich alles gesichert -> Totalschaden, alte E-Mails beim Reinkopieren wegen Fehler weg. Das Sichern deines E-Mail-Profils dürfte die sicherste Methode sein. Weitere Quelle:
http://forum.chip.de/e-mail-spam/thunderbird-emails-sichern-940820.html
Anschließend würde ich den Profilordner löschen, Thunderbird deinstallieren, auch beim Installationspfad den Ordner löschen (der wird bei mir nicht sauber deinstalliert bzw. kann der Uninstaller Erweiterungen usw. nicht selber entfernen), das Ganze neuinstallieren und anschließend dein Profil wieder in die Anwendungsdaten (oben bei %appdata%) reinkopieren.
Wenn es nun nicht geht, ist irgendwas an deinem Profil kaputt und es sieht düster aus, da die E-Mails je Konto in einer einzigen großen Datei (Inbox usw.) gespeichert werden - das per Hand auseinanderfrimeln dürfte kaum möglich sein.