Ich kenne es nur so, dass ein Fenster Aufmerksamkeit von dir verlangt und man das iirc auch nicht so einfach abstellen (zumindest nicht ohne selbst in der Registry zu hantieren) kann. Glaube auch, dass selbst Tweak UI, sofern es das noch für Win 7 gibt, nur die Zahl der Blinkhäufigkeit einstellen kann. Und normalerweise sollte sich ein blinkendes Fenster/Icon unter Windows 7 auch normal anklicken lassen, außer es hat einen eigenen Dialog, der keinen eigenen Eintrag in der Taskleiste belegt bzw. das eigentliche Programm dahinter solange keinen Fokus bekommt, solange der Dialog noch offen ist. Wenn ich Winamp etwa starte und es sich im Hintergrund öffnet, leuchtet es drei Mal und dann verfärbt es sich dann dauerhaft gelb - bis ich es das erste Mal anklicke. Dürfte an einem Plugin sein, da ich so einige davon installiert habe.
Falls du generell Probleme mit dem System hast, dass etwa bestimmte Funktionalitäten im Explorer usw. nicht so gehen wie erwartet, kannst du ja mal eine Integritätsprüfung einleiten, die wie bis dato in einer Administrator-Shell (cmd) mit sfc/ scannow eingeleitet wird, halte ggf. deine Win7-DVD bereit und bring etwas Zeit mit.